Si al ejeuctar sudo chkrootkit en tu Ubuntu 13.04 te sale el aviso del título del post, en principio, no debes asustarte (antes, ejecuta rkhunter).
Según se cuenta en http://askubuntu.com/questions/25176/chkrootkit-says-sbin-init-is-infected-what-does-that-mean parece un falso positivo por una búsqueda poco rigurosa:
### Suckit
if [ -f ${ROOTDIR}sbin/init ]; then
if [ "${QUIET}" != "t" ];then printn "Searching for Suckit rootkit... "; fi
if [ ${SYSTEM} != "HP-UX" ] && ( ${strings} ${ROOTDIR}sbin/init | ${egrep} HOME ||
cat ${ROOTDIR}/proc/1/maps | ${egrep} "init." ) >/dev/null 2>&1
then
echo "Warning: ${ROOTDIR}sbin/init INFECTED"
else
if [ -d ${ROOTDIR}/dev/.golf ]; then
echo "Warning: Suspect directory ${ROOTDIR}dev/.golf"
else
if [ "${QUIET}" != "t" ]; then echo "nothing found"; fi
fi
fi
fi